Fullmetal Alchemist: Der Eroberer von Shamballa

München 1923. Edward Elric lebt mittlerweile in der realen Welt, ohne seine alchemistischen Kräfte und seinen kleinen Bruder. Hier beschäftigt er sich zusammen mit Alfons Heiderich mit dem Bau von Raketen. Als sie diese auf einem Volksfest vorführen möchten, gerät Ed mitten in eine Verschwörung der Thule-Gesellschaft, die es mit der Hilfe von Alchemie schaffen will, eine Verbindung zwischen der realen Welt und dem sagenumwobenen Reich Shamballa zu schaffen, mit dem Ziel, sich dort Kräfte anzueignen, die sie für den Aufstieg der Nazis nutzen wollen. Aus diesem Grund muss Ed wieder zurückreisen, um die beiden Welten zusammen mit seinem Bruder Alphonse zu retten?