Nach dem Ende des Battle City Turniers erwacht tief unter der Sandwüste Ägyptens eine alte Macht. Anubis, vor Jahrhunderten von Yugis mysteriösem zweitem Ich - dem alten Pharao - besiegt, kommt zurück, um Rache zu nehmen. Mit der Kraft des achten Milleniumsgegenstandes beschließt Anubis Yugi zu vernichten und die Herrschaft der Welt an sich zu reißen. Er duelliert sich mit dem Pharao...