Todos os anos, a cidade de Altomare realiza uma corrida especial de Pokémon de tipo Água por seus canais e, desta vez, Ash e Misty vão competir! Mesmo não ganhando, Ash ainda conquista um lugar especial no coração de uma garota misteriosa que ele resgata de duas ladras. Porém, esta não é uma garota qualquer, ela é na verdade o Pokémon Lendário Latias disfarçado! Ash dá uma espiada especial na casa secreta de Latias e de seu irmão, Latios, mas este lugar pacífico logo é ameaçado pelas ladras de antes, Annie e Oakley, que estão atrás de Pokémon Lendários e uma joia misteriosa chamada Orvalho da Alma. Esses elementos combinados vão permitir que elas controlem uma máquina poderosa que normalmente protege contra o perigo. Quando a máquina funciona incorretamente, ela não só coloca Latias e Latios em sério risco, como também toda a cidade de Altomare!