Milhares de anos após um misterioso fenômeno transformar a humanidade inteira em pedra, desperta um garoto extraordinariamente inteligente, Senku Ishigami, que decide usar sua mente para reconstruir o mundo. Ao lado de Taiju Oki, seu amigo de infância absurdamente forte, eles começam a reestabelecer a civilização do zero.

Uma emergência força Senku e Taiju a reanimar um colega de escola bruto chamado Tsukasa Shishio, cuja atitude e passado traumático entram em conflito com os planos de Senku para uma nova sociedade.

Após conhecer o verdadeiro Shishio, Senku sabe que não pode confiar nele. Assim, junto de Taiju e Yuzuriha, ele pretende encontrar alguma forma de derrotá-lo.

Senku decide criar pólvora para controlar Shishio, mas a fumaça tem uma resposta inesperada.

Shishio dá um golpe fatal em Senku, porém Taiju sabe que seu amigo tem sempre um plano em mente.

Para vencer Tsukasa, Senku decide encontrar as outras pessoas que habitam o mundo de pedra.