Após passar o primeiro ano do Ensino Médio sem fazerem nada, Haruka e Makoto se encontram com Nagisa, um estudante que havia sido membro do mesmo clube de natação que eles quando eles eram crianças. Ao descobrirem que o antigo clube de natação está sendo demolido, os três decidem voltar ao local para desenterrar uma cápsula do tempo que eles haviam enterrado, se reencontrando com Rin, o quarto membro do grupo que havia os deixado para estudar no exterior.

Makoto e Nagisa assistem apreensivos uma intensa corrida entre Haruka e Rin. Durante isso, eles percebem que Rin parece ter mudado. Enquanto isso, Nagisa começa a organizar um novo clube de natação junto com Gou, a irmã de Rin.

O Clube de Natação da Iwatobi precisa de mais um membro antes de poder participar de revezamentos. Nagisa se decidiu por Rei, um colega de classe que faz parte do clube de Atletismo. Apesar de Rei recusar a se juntar ao clube, Nagisa é persistente em tentar convencê-lo a se juntar ao clube de natação.

O clube de natação de Iwatobi finalmente alcança a quantidade necessária de membros. Assim que eles começam o treinamento, alguns problemas aparecem. Após um dos membros falar que seu traje de banho está afetando sua performance, o clube inteiro vai as comprar em busca de novos trajes de banho.

Haruka e os outros membros do clube de natação resolvem se concentrar para se preparar para o campeonato municipal. Cada membro segue o seu próprio plano de treinamento. Porém Rei não está satisfeito e volta ao oceano durante a noite para praticar.

Acontecem problemas na praia. Os quatro membros do clube de natação são obrigados a rever sua motivação para nadar. Após Rei perguntar sobre o comportamento estranho de Makoto durante o treinamento, Makoto conta a ele sobre seu passado.