Vor 37.000 Jahren wurde ein tödliches Geheimnis in einer Höhle in Texas begraben. Jetzt wurde das Geheimnis entfesselt. Diese Entdeckung könnte das Ende der gesamten Menschheit bedeuten. Bei den Ermittlungen im Fall eines mysteriösen Bombenattentats auf ein Bürogebäude in Dallas werden die FBI Special Agents Fox Mulder und Dana Scully in die gefährlichste Verschwörung ihrer Karriere verwickelt. Mit der zweifelhaften Hilfe einesparanoiden Wissenschaftlers (der ehemalige Oscar®-Gewinner Martin Landau) riskieren sie ihr Leben, um einen tödlichen Virus außerirdischen Ursprungs zu vernichten, der das gesamte Leben auf der Erde auslöschen könnte. Die Suche nach der Wahrheit konfrontiert Mulder und Scully mit einem skrupellosen Syndikat mächtiger Drahtzieher, die alles daran setzen, ihr Geheimnis zu bewahren. Auf der unerbittlichen Jagd nach dem grauenvollen Virus gelangen die Agenten von der Höhle in Texas über ein Gebäude des FBIs schließlich zu einem geheimen Ort in der Antarktis, der das unglaublichste Geheimnis von allen birgt.