Cuando suena una alarma, McKay sospecha que una enfermedad infecciosa ha activado el sistema de autoprotección de la ciudad. Con los sistemas vitales afectados, el equipo Atlantis queda atrapado en varias secciones de la ciudad, sin salida.
Durante una caminata exploratoria en un planeta selvático, Sheppard toca un cristal brillante y se convierte en huésped de una forma de energía infecciosa. En Atlantis, la entidad comienza a ir de persona a persona y pone en riesgo a la tripulación.
Mientras el Dr. McKay lucha por ver por qué el Stargate estuvo inactivo, una sonda misteriosa cae en la ciudad. Un barrido de la sonda ofrece a McKay una visión de código nanita antes de que su programa de diagnóstico falle y se pierdan los datos.
Con Atlantis plagado de un virus que causa amnesia, McKay se despierta sin saber quién es o qué sucede. Siguiendo las instrucciones de un video que grabó anteriormente, McKay se libera y se propone encontrar la clave para desbloquear este misterio.
Tras un retorno imprevisto, el Dr. Carson Beckett cuenta que estuvo cautivo. A medida que Teyla se reencuentra con compañeros athosianos desaparecidos, comienza a formular un plan para garantizar su escape, si es capaz de encontrarlos a tiempo.