El anime se desarrolla en una versión alternativa del año 1931 de Japón, donde el shogunato Tokugawa nunca fue abolido y el emperador Meiji nunca volvió al poder. La historia seguirá las actividades de una organización llamada Nue que trabaja para el shogunato y se asegura de que se cumplan sus leyes. Con esto la historia difiere de la del Japón real, contándonos la serie que estamos en el año 64 de la era Meiji (la cual en el mundo real duró solo 45 años, hasta el año 1912) y menciona que el shogun es Tokugawa Yoshinobu, quien murió en 1913 en realidad.
