Als Barry und das Team versuchen, einen gefährlichen neuen Metamenschen zu fangen, erinnern sie sich an die Nacht der großen Explosion und den Tod von Caitlins Verlobtem Ronnie.

Die Gewalt zwischen Maroni und Falcone eskaliert. Der Pinguin enthüllt ein neues Element seiner Strategie, wodurch Gordon sich mit den Konsequenzen einer Entscheidung beschäftigen muss.

In der 1. Folge der 2. Staffel regiert der Penguin Gotham und Gordon bittet ihn um Hilfe, als seine Moral zu schwanken beginnt. Bruce Wayne erforscht die Geheimnisse seines Vaters.

Gordon will Jack Gruber fangen, ein verrücktes Elektrikgenie, das aus Arkham entflohen ist. Falcone kämpft um sein Imperium, nachdem Fish Mooney ihren nächsten Schachzug gemacht hat.

Als ein Kronzeuge in einem Mordfall in Polizeihaft getötet wird, hat Gordon den Verdacht, dass es ein Insider-Job war. Inzwischen zahlt der Pinguin Fish mit gleicher Münze heim.

Butch Gilzean (Serienstar Drew Powell) führt Penguin und seine Männer ins Lager, wo Penguins Mutter Gertrud Kapelput (wiederkehrender Gaststar Carol Kane) gefangen ist, während Penguin seine Rache an Galavan für die Entführung seiner Mutter plant. Inzwischen hat Nygma mit den Nachwirkungen eines tödlichen Unfalls zu tun.

Als Gordon mit Dr. Thompkins zum Zirkus geht, wird dieser angegriffen. Dann heuert Falcone Butch Gilzean an, um dem Pinguin mit dem Nachtklub zu helfen.

Captain Nathaniel Barnes (neuer Serienstar Michael Chiklis) ruft die Pflicht, um mithilfe von Gordon eine gesetzestreue Arbeitsgruppe zu erstellen. In der Zwischenzeit wird Penguin in einen Gefallen für Galavan verwickelt und Nygma bittet Kringle, mit ihr auszugehen.

Bruce Wayne riskiert sein Leben, um die Bedeutung des versteigerten Messers aufzudecken, während Ra's Al Ghul beweist, dass er tödliche Maßnahmen ergreifen wird, um zu bekommen, was er will.

In der 1. Folge der 4. Staffel befürchtet Gordon, dass Jonathan Crane / The Scarecrow wieder in Gotham ist, und Penguins Lizenzierung von Verbrechen in der Stadt geht nach hinten los.

Gordon steht unter Druck zu beweisen, dass das GCPD noch die Kontrolle hat, und versucht, Jonathan Crane zu schnappen, bringt sich aber in eine gefährliche Situation in Arkham.

Gordon nimmt die Dinge in die eigene Hand und reist nach Miami, um Carmine Falcone zu überreden, gegen Penguin zu kämpfen. Carmines Tochter Sofia folgt ihm nach Gotham.

Gordon und Bullock sind auf der Spur eines Serienmörders. Währenddessen versucht Sofia, Penguin für sich zu gewinnen, und Nygma, Thompkins und Grundy finden ein Zuhause bei Cherry.

In einer privaten Eliteschule hängt ein Schüler tot an einem Heizungsrohr. Was zunächst wie ein Selbstmord aussieht, erweist sich als ein nur schwer zu durchdringender Fall in einer Welt, in der Noten alles bedeuten, Kinder ihr Leben online verbringen und jeder etwas zu verbergen hat. Und welche Rolle spielen die Eltern des Toten?

Nachdem Gordon angeschossen wurde, halluziniert er über einen Prozess, in dem es um sein Leben geht - und reale tödliche Konsequenzen haben kann. Ivy kehrt zurück und bezirzt Bruce.

Die Dinge werden kompliziert für Gordon, Sophia und Penguin, als Carmine Falcone (JOHN DOMAN) nach Gotham zurückkehrt. Ein vertrautes Lächeln taucht wieder auf.

Als Gordon versucht, ein Abkommen mit Penguin zu vermitteln, das Sophia mit einbezieht, gewinnt Lee Thompkins mehr Kontrolle über die Narrows.

Penguin, Lee und Nygma bitten einen unerwarteten Verbündeten um Hilfe, als sie Rache üben wollen. Selina bittet Bruce um einen Gefallen, um ihre Schuldgefühle gegenüber Ivy loszuwerden.

Gordon und der Pinguin müssen zusammen arbeiten, als Haven angegriffen wird. Währenddessen führt Selina ihren Rachefeldzug gegen Jeremiah (CAMERON MONAGHAN) fort.

Adam und Kristina treffen unerwartet auf den Direktor von Max' Schule. Joel und Julia erhalten unterdessen eine beunruhigende Nachricht.