Der Maulwurf beim MI6 hat dafür gesorgt, dass Holmes' Bruder Mycroft in Verdacht gerät, Arthur West ermordet zu haben. Holmes gibt dem britischen Geheimdienst gegenüber Loyalität vor, während er Mycroft in Sicherheit bringt und nach dem wahren Verräter sucht. Dazu macht er sich die Arbeit von West zunutze und hat bald den Buchhändler Julian Afkhami im Visier. Unterdessen wachsen zwischen Holmes und Watson die Spannungen.
Sherlock erfährt, dass sein Bruder Mycroft für den britischen Geheimdienst arbeitet. Das MI6 hat nun einen Auftrag für den Ermittler: Er soll den Mord an dem Ex-Geheimdienstmitarbeiter Arthur West untersuchen. Der litt unter einer bipolaren Störung und hatte sich nach der Ausmusterung in New York niedergelassen. Kurz vor seinem Tod wandte er sich mit einem Fall an das MI6, doch niemand nahm ihn dort ernst. Ein Fall ganz nach Holmes' Geschmack.
Ein Vulkanausbruch auf Island legt den Flugverkehr lahm. Während Elizabeth in Irland festsitzt, will sie ihren türkischen Amtskollegen zu einem Deal bewegen, um syrische Flüchtlinge zu retten.
Als ein Besatzungsmitglied durch eine außerirdische Sonde mit übermenschlicher Intelligenz ausgestattet wird, bedroht es das Schicksal der Enterprise.
Als die Borg zurückkehren, um gegen die Föderation zu kämpfen, trumpfen sie mit einer neuen Individualität auf und verlocken Data, als sie ihm helfen, sein erstes Gefühl zu fühlen.