Nachdem die Invasion der Erde durch außerirdische Feinde abgewendet ist, bringt die Omnitrix in ein Versteck und kehrt in die Schule zurück. Er hat geschworen, ihr Geheimnis für immer zu bewahren. Doch es scheint, als ob er nicht der einzige ist, der um die Superwaffe und ihre fantastischen Eigenschaften weiß, und auch ihr Versteck scheint nicht mehr sicher zu sein.