Das Studium ist abgeschlossen, der Tag der Wahrheit gekommen: J.D. (Zach Braff) tritt seine Stelle als Assistenzarzt im Krankenhaus an. Und macht gleich die unangenehme Bekanntschaft von Dr. Kelso.

Nach ein paar Tagen hat J.D. schon eine gewisse Routine. Drainagen und intravenöse Zugänge sind kein Problem mehr. Aber dann wird ein kettenrauchender Mann mit Verdacht auf Lungenkrebs eingeliefert.

J. D. leidet darunter, dass Turk kaum noch Zeit hat, weil er seine Freizeit lieber mit Carla verbringt. Als Turk bei einem Patienten ein Kunstfehler unterlaufen ist, muss J.D. die Sache für seinen Freund ausbügeln.

J.D. und die anderen jungen Assistenzärzte werden mit den traurigen Seiten ihres Berufs konfrontiert: J.D.s ältere Patientin Mrs. Tanner leidet unter schwerem Nierenversagen. Als er ihr eröffnet, dass sie dringend zur Dialyse muss, will sie lieber sterben, als sich der Tortur auszusetzen. Turks 20-jähriger Patient David hat Krebs und Elliot muss mit ansehen, wie die schwerkranke Mrs. Guerrer ihr Leben verliert.

J.D. gewöhnt sich an den anstrengenden Klinikalltag und wird von den älteren Ärzten akzeptiert. Doch bald muss er sich entscheiden: Will er zu Chefarzt Dr. Kelso oder zu dessen Erzfeind Dr. Cox?

Der Dauerstreit zwischen Dr. Kelso und Dr. Cox hat sich so zugespitzt, dass der Chefarzt Cox erst einmal beurlaubt. Über sein weiteres Schicksal muss nun der Aufsichtsrat der Klinik befinden.