T3, E1: En el primer episodio de la tercera temporada, la historia comienza tres años después, cuando un cadáver infectado por una toxina letal y altamente contagiosa es arrojado en un lugar público. Entonces se produce una amenaza: si un conocido capo de la droga no sale de prisión, este virus letal será liberado. Jack (el ganador de un Globo de Oro, Kiefer Sutherland), que ahora lidera una división de operaciones especiales en la Unidad Antiterrorista (CTU), se lanza tras la pista de esta amenaza viral, que no es sino otra bomba de relojería.