S6, E1: Sam et Callen, coincés à bord d’un sous-marin parti en mer, comprennent que leurs geôliers sont des djihadistes. Le vaisseau étant bourré de sacs d’engrais, ils en déduisent que les terroristes ont l’intention de commettre un attentat en jetant le submersible contre une cible précise, certainement l’USS Van Buren, un porte-avion équipé de deux réacteurs nucléaires. S’ils y parvenaient, au-delà du symbole, ce serait une catastrophe écologique, accompagnée de nombreux morts. Sam et Callen doivent neutraliser le sous-marin, quoi qu’il en coûte.