S1, E1: Un avion est retrouvé dans l'aéroport international Logan de Boston (Boston's Logan Airport). Tous les passagers et l’équipage sont morts d’une façon effroyable, l’agent spécial du FBI Olivia Dunham est alors appelée pour mener l’enquête. Celle-ci prend une tournure des plus dangereuses lorsque son partenaire, l’agent spécial Agent John Scott, échappe de peu à la mort. Olivia Dunham trouve de l'aide auprès du Dr. Walter Bishop, qui accepte à une seule condition : il veut revoir son fils dont il a été séparé par le gouvernement. Avec l’aide de l’agent Phillip Broyles, ils vont découvrir que le crash fatal n’est qu’une petite pièce d’une grande et terrible vérité.