Un professeur d'université est possédé par les démons du Tonnerre et de la Foudre, qui veulent contrôler le monde. Le Bureau de Recherche et de Défense sur le Paranormal décide alors d'envoyer Hellboy et son équipe pour enquêter. Cependant, lorsque Hellboy trouve le sabre des Tempêtes, il est transporté dans le monde du Japon traditionnel, où des Yōkai tentent de lui dérober l'épée.