Gibbs et son équipe collaborent avec un inspecteur de l'Agence internationale de l'énergie atomique souffrant d'une exposition aux radiations, pour retracer ses habitudes et trouver où il a été contaminé.
La plus meurtrière des armes d'Howard Stark est tombée entre des mains ennemies, et seule Peggy Carter peut la récupérer. Elle va tenter d'y parvenir dans être démasquée par le Chef Dooley et l'Agent Thompson.
Peggy essaye de sauver Howard Stark et le monde entier ; elle doit aussi faire face à la furie de Leviathan.