Après avoir sauvé la vie du président des États-Unis, deux agents des services secrets se retrouvent abruptement nommés à un nouveau poste, au Warehouse 13, un immense entrepôt top secret qui abrite tous les artéfacts étranges, reliques mystérieuses, objets fantastiques et souvenirs surnaturels jamais recueillis par le gouvernement américain. Le gardien du Warehouse, Artie (Saul Rubinek), charge les agents Pete (Eddie McClintock) et Myka (Joanne Kelly) de retracer tout rapport d'activité surnaturelle et paranormale pour trouver de nouveaux objets à cacher au Warehouse, et de l'aider à protéger le Warehouse. Partie 1 de 2.

Après avoir sauvé la vie du président des États-Unis, deux agents des services secrets se retrouvent abruptement nommés à un nouveau poste, au Warehouse 13, un immense entrepôt top secret qui abrite tous les artéfacts étranges, reliques mystérieuses, objets fantastiques et souvenirs surnaturels jamais recueillis par le gouvernement américain. Le gardien du Warehouse, Artie (Saul Rubinek), charge les agents Pete (Eddie McClintock) et Myka (Joanne Kelly) de retracer tout rapport d'activité surnaturelle et paranormale pour trouver de nouveaux objets à cacher au Warehouse, et de l'aider à protéger l'entrepôt. Partie 2 de 2.

Pete (Eddie McClintock) et Myka (Joanne Kelly) doivent arrêter une équipe de cambrioleurs de banque qui détiennent une arme inhabituelle - un disque 33 tours d'une chanson pop non distribuée écrite par un génie musical, qui provoque l'extase instantanée chez ceux qui l'entendent, permettant aux cambrioleurs de dérober ce qu'ils veulent. De retour au Warehouse, Artie (Saul Rubinek) repère la faille et part pour Washington.

Pete (Eddie McClintock) et Myka (Joanne Kelly) sont envoyés dans l'état de New York pour enquêter sur ce qui pousse les habitants d'une ville à extérioriser leurs désirs subconscients. De retour au Warehouse 13, Artie (Saul Rubinek) est intrigué par les surtensions soudaines de l'immeuble.

Artie (Saul Rubinek) est kidnappé par une femme, Claudia Donovan (Allison Scagliotti), qui le tient pour responsable de la mort de son frère, Joshua, 12 ans auparavant. Alors que Pete (Eddie McClintock) et Myka (Joanne Kelly) essaient de retrouver Artie, Artie apprend que la fin de Joshua cache bien plus qu'il ne savait, et qu'il a peut-être encore une chance de rectifier les choses - mais à quel coût ?

Lorsqu'une sculpture est volée grâce à un artéfact amérindien qui a permis au voleur de passer à travers les murs en acier d'une chambre forte, Pete (Eddie McClintock) et Myka (Joanne Kelly) sont envoyés à New York pour mener une enquête. La poursuite de la vérité les conduit à la découverte d'un lieu sacré, qu'ils protègeront coûte que coûte.