Suite à d'étranges accidents dans le collège Kadic, Aélita est convaincu que Xana est de retour et convainc les autres de rallumer le supercalculateur. Au départ, tout semble calme sur Lyoko, mais rapidement une tour est activée, permettant de créer dans le monde réel un spectre polymorphe qui va attaquer nos héros. Xana est donc bien de retour, et il a évolué. La menace n'en est que plus lourde. Nos héros décident de reprendre du service...

Jérémy et Aélita ont réussi à repérer le lieu où Xana a vraisemblablement été réactivé. Nos héros décident de s'y rendre à bord du Skid, le sous-marin numérique qui permet de voyager dans le réseau mondial, et que Jérémy a reprogrammé. Mais au moment du départ, Odd se retrouve enfermé dans un local du collège. De son côté, William cherche à réintégrer l'équipe des Lyokôguerriers...

Un petit sixième poursuit nos héros, provoquant chez eux d'étranges troubles dès qu'il les touche. Pas de doute : c'est un spectre ! Nos héros filent sur lyoko pour désactiver la tour qui a permis à ce spectre polymorphe de se matérialiser. Mais, sur lyoko, Aélita est dévirtualisée avant d'avoir atteint la tour. Gros problème, car, en théorie, elle seule peut désactiver une tour, mais nos héros découvrent qu'ils ont désormais tous cette faculté. Une fois la tour désactivée par Yumi, Jérémy repère une seconde tour active qui était cachée par la première. Il y a un deuxième spectre, et c'est un clone d'Ulrich ! C'est trop d'émotion pour Odd qui devient complètement parano en fin d'épisode, mais qui réussit malgré tout à rejoindre le labo, à se virtualiser sur lyoko et à désactiver cette seconde tour... En fin d'épisode, Jérémy montre sa dernière invention : la transwatch, des montres qui permettent de mesurer le nombre de "codes sources" que Xana a mis en eux et surtout combien ils en perdent dès qu'ils sont victime d'un spectre. Effarés, nos héros découvrent que Xana a déjà récupéré 70% de sa puissance...

Jérémy a mis au point un nouvel engin virtuel afin que les Lyokôguerriers puissent se déplacer sans danger sur l'anneau du Cortex. Une mission est organisée pour l'essayer, mais aussi pour collecter des informations sur Franz Hopper, le père d'Aélita... A-t-il mis au point le supercalculateur contrôlant le Cortex ? Parallèlement, nos héros doivent composer avec Laura, une élève surdouée qui semble s'intéresser à leurs activités...

Un spectre qui a pris l'apparence de William sévit à Kadic. Il attaque Yumi qui perd beaucoup de codes source au passage. Pour préserver son amie, Ulrich n'a d'autre choix que d'attirer le spectre et de se mettre à son tour en danger. Nos héros foncent sur Lyokô et désactivent la tour qui a permis à ce spectre de se matérialiser. Mais, en récupérant les codes de Yumi, Xana a gagné en puissance et attaque aussitôt le réseau téléphonique. Il faut retourner sur Lyokô au plus vite. Mais problème : seul Ulrich est encore dans la capacité de le faire. Mais pour nos héros, hors de question de le laisser partir tout seul. Ils n'ont pas le choix, ils vont devoir faire appel à William, malgré toutes les réticences qui'ls peuvent avoir. Mais le garçon se montre à la hauteur de la tâche et réintègre officiellement l'équipe des Lyokö Guerriers.

Aélita presse Jérémy de terminer les modifications du véhicule qui lui permettra de retourner sur le Cortex. Elle doit en avoir le coeur net. Pourquoi y avait-il une image de son père dans ce supercalculateur ? Malheureusement, plus ils s'approchent du Dôme, plus les soupçons assaillent Aélita concernant son père. Et si c'était lui qui avait construit cette machine et permis le retour de Xana. Elle devra chercher ailleurs la certitude que son père est innocent. Pendant ce temps, Yumi cherche à organiser une fête pour collecter des fonds pour le Japon, frappé par une tempête. Ce n'est pas facile quand on est seule, avec tous ses amis dans le Cortex.