Dan Briggs, le chef de l'IMF, rassemble une équipe d'agents secrets d'élite afin de récupérer deux têtes nucléaires détenues dans la chambre forte d'un hôtel, au nez et à la barbe du dictateur militaire d'opérette de Santa Costa.

Afin d'enlever le pouvoir à un dictateur et de le faire passer pour un traître, Briggs engage un expert en mémoire qui endosse le rôle d'un agent décédé dont le nom de code est Moineau.

Les agents de l'IMF n'ont que 36 heures pour piéger un habile meurtrier dont le but est de tuer des milliers de personnes dans Los Angeles.

Les membres de l'IMF se font passer pour des baladins afin de détourner l'attention de leur plan de sauvetage concernant un cardinal luttant pour la liberté, enfermé dans une prison d'Europe de l'Est.

Le plan de Rollin pour s'échapper avec le cardinal est tout à fait au point jusqu'à ce que des ordres, décidant de l'exécution du vieil homme, tombent !

La mission de l'équipe est de s'assurer que le dirigeant d'un petit pays dilapide en paris les 1,5 millions de dollars qu'il avait prévus pour acheter des armes.