Adolescente à problèmes, Nikita a été sauvée de la mort par une organisation secrète connue sous le nom de la Division. L'agence a simulé l'exécution de la jeune fille et lui a donné une seconde chance de débuter une nouvelle vie en servant son pays. Ce qu’ils ne lui avaient pas dit c’est qu’elle allait être entraînée pour devenir une machine à tuer. Cependant, en dépit de son entraînement à la Division, Nikita n’a jamais perdu son humanité, tombant même amoureuse d’un civil. Et quand son fiancé est assassiné, Nikita réalise qu’elle a été trahie et qu’elle ne peut faire confiance à personne. Elle prend alors la fuite. Trois ans plus tard, toujours en cavale, la jeune femme est toujours déterminée à détruire ses anciens employeurs. Pendant ce temps, la Division continue d’entraîner de jeunes recrues, effaçant toute trace de leur ancienne vie pour les transformer en tueurs froids et efficaces. Michael, ancien formateur de Nikita, est désormais chargé de Thom, Jaden et Alex. Celle-ci, hantée par un violent passé, a connu un parcours très similaire à celui de Nikita...
Percy et Michael ont une nouvelle mission : protéger un criminel de guerre. Nikita, qui a découvert leur refuge, tente de saboter leur projet.
Jill Morelli, journaliste, possède un article sur un accident d'avion organisé par la Division afin de camoufler un trafic.
Nikita tente de réparer le mal commis lors de sa première mission effectuée pour le compte de la Division.
Ancien agent de la Division, Owen Elliot s'échappe après le vol d'informations sur les crimes commis par l'organisation, enregistrées sur un disque dur caché dans une banque.
Un bus rempli de recrues de la Division est l'objet d'une attaque terroriste. Alex et Thom se font enlever.
Maggie Q
Nikita
Shane West
Michael
Lyndsy Fonseca
Alex
Aaron Stanford
Birkhoff
Melinda Clarke
Amanda