Dans un avenir pas si lointain, la société est capable de sonder l'esprit de chaque individu et de lui attribuer diverses caractéristiques. Parmi elles, il y a le « facteur criminel » : s'il dépasse un certain seuil chez une personne, celle-ci est arrêtée, voir éliminée au nom de l'ordre public. Cette tâche est dévolue au Bureau de la Sécurité Publique, dont les agents utilisent le « Dominateur », arme capable d'analyser le facteur criminel à la volée et dont les décisions sonnent comme des sentences. Une réalité que va découvrir la jeune Akane Tsunemori, tout juste affectée à la Brigade Criminelle.

Le premier jour de l'inspecteur Tsunemori à la Brigade Criminelle s'est soldé par un incident hors norme. Alors qu'elle doute d'elle-même et de sa capacité à assumer son nouveau travail, Akane va devoir faire équipe seule avec Tomomi Masaoka pour résoudre une affaire dans un centre commercial.

Akane Tsunemori tente de mieux s'intégrer parmi les exécuteurs de la Criminelle, malgré les avertissements de l'inspecteur Ginoza. L'unité 1 est alors appelée pour enquêter sur un incident dans une usine de drones.

L'Unité Un est à la recherche d'un criminel qui a tué un homme, connu sur Internet sous le nom de Talisman et dont l'avatar a été récupéré par son assassin. Akane se crée un avatar et infiltre une communauté virtuelle pour obtenir des informations sur l'homme qu'ils cherchent. Mais les choses tournent mal.

La tentative de capturer le criminel qui se cachait derrière Talisman a échoué. Pire encore, celui-ci s'est également emparé de l'avatar Spooky Boogie. Face à ce tueur en série, dont les moyens techniques attisent les soupçons de Kôgami, la Brigade Criminelle va devoir redoubler d'efforts pour résoudre l'affaire du voleur d'avatars.

Les deux dernières enquêtes montrent des similitudes qui n'échappent pas aux enquêteurs de la brigade. Les criminels ont été manipulés, pendant qu'ils réalisaient leurs fantasmes meurtriers. Pendant ce temps, Akane continue de s'intéresser au passé de Kogami.