森野蛍は、中学からの同級生・大高蓮と親友の山本栞と共に、修学旅行へ。しかし、そこで交通事故に巻き込まれてしまう。 蛍が目を覚ますと、全身真っ黒な服を着た男が目の前に現れる。驚き、突き飛ばす蛍。だが、男から衝撃の言葉を突き付けられる。 「俺はお前の案内人だ。蛍、よく聞け。お前は死んだんだ」男はさらに、死んでから49日以内に3つの未練を解消しなければ地縛霊になってしまい、周りの人間たちを不幸にしてしまうと告げる。 事故から1ヶ月間も寝ていた蛍には、あと19日しか残されていない。 蛍と案内人・クロの未練解消が始まる。しかし、一つ目の未練解消から、二人には暗雲が立ち込めていた……。

蛍にとって１人目の未練解消の相手は、大好きだった祖母・福嶋タキ。 蛍はタキに会うため病院を訪れるが、いくら探してもタキはいない。困り果てた蛍にトシという老婆が声をかけてくる。が、トシは蛍のような霊を食べて生き延びる地縛霊だった。すっかり騙されている蛍を救ったのはクロ。 蛍はクロの手助けの元、何とかタキとの未練解消に成功する。 しかし、未練解消がただただ辛いことだと感じてしまった蛍は、次の未練の相手を聞かずに家を飛び出してしまう。 飛び出した蛍が向かった先は、片思いの相手・蓮。グラウンドで走る蓮を見つめる蛍。と、そんな蛍に話しかけてくる女子高生・圭子が現れる。 圭子もまた、20年間、霊を食べ続けてきた地縛霊だった。

蛍は、親友・栞との思い出をヒントに、地縛霊の女子高生・圭子の未練を探し当てる。圭子は自分にとって一番大切な親友・雪絵の事を思い出し、幸せそうにずっとそばで雪絵を見守ることに。 そんな姿を目の当たりにした蛍は、「私も一生大切な人を見守り続けるために、地縛霊になる」とクロに告げる。だが…。 数日後。圭子の元を訪れると、雪絵に対しての憎しみが募っていた。 圭子は、”いつまでも死んだ人間のことを悲しんではいられない”という現実を突きつけられてしまったのだ。圭子のためにと思ってやったことが、逆に圭子を傷つけてしまったことに蛍は落ち込む。 「お前のせいじゃない」というクロの言葉に励まされ、蛍は２人目の未練解消の相手を聞く。 二人目の相手は、親友の栞だった。

二つ目の未練解消相手が親友・栞と知った蛍は、修学旅行の日になぜ、栞が急に怒ったのか、その理由を考えていた。 二人でよく行っていた神社へと向かう蛍。すると、栞もまたそこに現れる。 お互いに心情を吐露しあう二人。仲直りをして、ずっと親友だという証に、お揃いのマスコットを持ち合い、未練解消を遂げる。 「成長したな」と、クロにほめられる蛍。そして、最後の未練解消の相手は、大高蓮と告げられる。 いつもクロに頼りっぱないしの蛍は、最後くらいは自分一人の力でと、蓮の元を訪れる。が、いつも走っているグラウンドに蓮はいなかった。 クロは落ち込む蛍を励ますため、図書館へと連れていく。 と、そこで蛍に抱きつく男の子の霊と、その案内人・カクガリが現れる。 男の子の名前は涼太。涼太は自分の死を理解しておらず、未練を解消できずに49日目を迎えようとしていた。蛍は、涼太のために未練解消の相手を探すことに…。

クロから「お前は涼太の未練解消を手助けすることで、蓮との未練解消から逃げたいだけだ」と言われる蛍。蛍もまた、人を好きになるという事に理解がないクロに文句を言い、二人は、喧嘩してしまう。 蛍は、涼太の未練解消のため、保育園の先生・麻紀子に会いに行く。 涼太の死には麻紀子が深くかかわっており、未練解消の相手もまた、彼女だった。自分の想いを告げようと必死に頑張る涼太の姿を見た蛍は、自分も蓮との未練解消に踏み出そうと決意する。 そしてそんな蛍を見たクロは、「俺がいない方が蛍にとってはいい」と告げ、蛍の前から去ろうとする。 しかし、蛍は「クロがいないとダメなの…」と泣きだしてしまう。

ついに最後の未練解消へと、蓮の元に向かう蛍。思い出の校舎で、お互いに想いを伝え合う二人。切ない最初で最後のキスをして、無事に３つの未練解消をしたはず……だった。 ところが、蛍が目を覚ますと、思いもよらぬことをクロから告げられる。 クロが現れた本当の意味、未練解消、今まで起こった全ての事態を理解した蛍の前に、最後の奇跡が起こる。