歡迎來到實力至上主義的教室

綾小路清隆進入了號稱就業率、升學率百分之百的升學高中「東京都高度育成高等學校」就讀，但他所屬的一年D班卻全都是一些問題兒童，完全不像是一所升學高中的班級。而且學校一個月給學生等同於現金十萬日圓的點數，課堂上聊天、睡覺、胡混度日也全都不管，採取放任主義。學生們過著自甘墮落的生活，但也有人感覺到異常，那就是徹底不想與人交流，完全孤單一人的美少女堀北鈴音。她發現學校明明給學生一大筆錢，校園內卻準備了很多「救助窮困者的措施」。而一個月後，綾小路、堀北和D班的學生終於知道整個學校體系的真相。

雖然成績不好的學生很多，但D班還是與學校所預料的相反，在期中考考出了高分。而這考試結果的背後是堀北他們拚命努力，以及綾小路在暗中謀劃而來的。然而成績最差的須藤卻因為一分之差而不合格。「須藤健，你要退學。」班主任茶柱冰冷無情地這麼說。期中考的分數已經公布，校方也已做出結論，為了改變這個結果，綾小路使出的最後一手是……？而在期中考的混亂情況中，綾小路卻意外地親眼目睹了班上的偶像櫛田桔梗不為人知的一面。

期中考結束後，D班總算拿到了少許的點數。當班上同學歡慶自己終於脫離極度貧困的生活，卻又出現新的問題，須藤對C班的同學施暴。雖然他強調那是正當防衛，但學校還是決定要在學生會的見證下進行審查會議，根據審查結果，D班有可能會被扣除點數。綾小路和D班的人為了尋找他是正當防衛的證據而努力奔走。綾小路因為某件事與B班的領袖少女一之瀨帆波結下了互相合作的關係。一之瀨推測在這件暴力事件的背後，是C班的領袖龍園翔在暗中搞鬼，從這件事可以看出班級間的鬥爭。

因為佐倉鼓起勇氣作證，而使得C班與D班在審查會議中各佔一半的優勢，最後決定擇日再開審議會。然而佐倉的證言對D班來說是最後的王牌，所以想在審查會議上佔更多優勢必須再想別的辦法，因此綾小路和堀北再次到發生暴力事件的現場去調查。佐倉愛里的另一個身分是名為「雫」的寫真偶像，她的一名狂熱粉絲潛入校內，一直在跟蹤她。暴力事件的審議會、跟蹤狂伸向佐倉的魔手，在這兩個事件的交錯下，綾小路與堀北下了起死回生的一步棋。

波濤洶湧的第一學期結束，學校進入了暑假。強調完全不需要朋友的孤獨少女堀北鈴音在暑假期間完全沒跟任何人見面，每天都在用功讀書。某一天綾小路打電話約她跟D班的男生、女生一起去游泳池玩，原本照理來說堀北必定會拒絕，結果她卻因為「某個原因」答應了綾小路的邀約。另一方面，這時以D班的池為中心，男生好像擬定了什麼可疑的計劃。而前去游泳地的當天他們遇到B班的一之瀨等人，於是一同享受沙灘排球等各種娛樂。過程中D班的男生在暗中活躍，沒想到坂柳與龍園等其他班級的領袖也來到了游泳池。

一年級的暑假學校舉辦活動，帶學生們到南方的島嶼渡假。帶他們前往島上的也是超級豪華郵輪，船內餐廳的菜式一應俱全，所有休閒設施都可以免費使用。D班的學生第一學期在不合格就要退學的嚴格規定下被迫過著沒有任何點數的超窮生活，現在終於可以鬆一口氣，享受假期。然而A班的葛城康平用冷淡的眼光看著他們，葛城與坂柳有栖同樣都是受到A班學生支持的領導人物，現在坂柳因為身體不適而無法參加活動，因此A班完全由葛城統率。另一方面，C班的少女伊吹為了反抗龍園的獨裁而引起的騷動，也將為這假期帶來一場風波……？