S1, E1: Il maggiore Kusanagi e la Sezione 9 devono risolvere una crisi di ostaggi in una casa delle Geisha presidiata da una Geisha androide. Dopo aver sventato la crisi, Aramaki viene contattato da un suo amico della sezione militare, il quale rivela che uno degli ostaggi nella casa delle geisha era sotto inchiesta dopo aver richiesto un rapporto che dettagliava le azioni militari da intraprendere in caso di vari stati di emergenza. Data la natura delicata del caso, si chiede quindi alla Sezione 9 di riprendere le indagini da dove le aveva lasciate la squadra originale.