Solo personale autorizzato - prima parte

S4 E1: Sydney, Vaughn, Jack e Dixon sono sorpresi dalla decisione della direttrice della CIA Hayden Chase di diventare il loro nuovo capo. La riconciliazione di Sydney e Vaughn è a rischio, e Sydney scopre un segreto su Jack che minaccia di distruggere il loro rapporto. Nonostante le obiezioni di Sydney, il suo nuovo capo la affianca a Jack nella caccia a un moderno samurai. Nadia non vuole più fare la spia dopo aver scoperto la verità su suo padre. Vaughn e Jack hanno un legame sui misfatti del passato di Jack, cosa che delude profondamente Sydney.