Ogni anno, la città lagunare di Altomare ospita nei suoi canali una gara speciale di Pokémon di tipo Acqua. Naturalmente anche Ash e Misty vi partecipano! Pur non vincendo, Ash conquista il cuore di una misteriosa ragazza che salva da due ladre malintenzionate. Ma non si tratta di una ragazza qualunque: in realtà è il Pokémon leggendario Latias sotto mentite spoglie! Ash può così dare un’occhiata al mondo segreto di Latias e Latios, ma questo luogo pacifico è ora minacciato dalle due ladre , Annie e Oakley, sulle tracce sia dei Pokémon leggendari che di una gemma misteriosa. La combinazione di questi elementi permetterà loro di controllare una potente macchina in grado di proteggere da ogni pericolo. Quando la macchina si guasta, però, non solo mette in serio pericolo Latias e Latios, ma anche tutta Altomare!