Walter si reca nell’Universo alternativo per aiutare con l’indagine su un evento criminale che riguarda entrambi i mondi; David Robert Jones rivela il suo prossimo obiettivo.
Il Dr. Fredrick Walden (guest star ROB LaBELLE), il famoso linguista che venne ferito mentre studiava le grotte, si sveglia improvvisamente dal coma. Possiede dei poteri fantastici e intraprende una missione pericolosa.
Chloe e Jimmy vengono rapiti da un gioielliere psicotico che rapisce le coppie per sottoporle a una macchina della verità potenziata dalla Kryptonite e che mette in dubbio la loro fedeltà.
Mulder e Scully seguono le tracce di una creatura leggendaria che ha vagato per la campagna del New Jersey per più di quarant'anni.
Mulder e Scully sono perseguitati da una nuova, mortale forma di vita che ha invaso i corpi di un gruppo di ricerca vulcanica.