Per salvare la madre morente, Mulder deve proteggere il guaritore extraterrestre Jeremiah Smith da uno spietato cacciatore di taglie alieno.
Mentre un mistico nativo americano tenta di curare Mulder, Scully è in cerca di file segreti sulla sperimentazione aliena e diventa l'inconsapevole bersaglio di un assassino.
Mulder si ritrova intrappolato su un treno in corsa con un assassino del governo, una bomba a orologeria e un virus mortale.
Per individuare una potenziale cura per Scully, Mulder accede a una struttura di ricerca segreta, il che lo porta ad una straordinaria rivelazione sulle origini di quel cancro..
Intrappolato in un accordo per salvare la vita di Scully, Skinner aiuta l'Uomo che fuma a distruggere le prove di un fatale attacco di api, solo per scoprire che è stato incastrato per omicidio.