Nel finale, un nuovo indizio in un caso a pista fredda richiede che Lisbon ritardi la partenza per DC, consentendo a Jane di affrontare finalmente i suoi sentimenti per lei.
Il team del Jeffersonian indaga sulla morte di un giovane ragazzo la cui anima sembra essere alquanto viva. Quando la sensitiva Avalon Harmonia (la guest star Cyndi Lauper) tenta di aiutare lo spirito del defunto a raggiungere l’aldilà, ogni membro della squadra inizia a mettere in discussione le proprie convinzioni sulla vita dopo la morte.
McGee e Torres vanno a casa di un'adolescente che ha assistito a un incidente mortale, ma la ragazza e i genitori, Christopher e Julie Bell, scappano piantando in asso gli agenti dell'NCIS.
A Peggy viene affidata una missione con l'Howling Commando ma la sua copertura rischia di saltare quando il Capo Dooley, manda l'Agente Thompson con lei.