Quando alcuni tornado colpiscono il Kansas, la squadra è chiamata a indagare sul ritrovamento di alcuni corpi di ragazzi rinvenuti in seguito alle tempeste. Il lavoro mette J.J. sotto pressione sulla sfera privata.
Quando JJ viene rapita, la squadra indaga sul periodo da lei trascorso al Dipartimento di Stato per trovare degli indizi sulla sua scomparsa e scoprire una missione segreta che mette a rischio la sua vita. Il team chiede aiuto a Prentiss.
La squadra deve trovare il comune denominatore tra vittime maschili nel Montana e trova difficile delineare il profilo dell'assassino. JJ deve affrontare il trauma per la morte della sorella.
La squadra si reca a Los Angeles per cercare il soggetto ignoto che, tutti gli anni e nello stesso giorno, rapisce le tate e i bambini a loro affidati.
A Miami vengono ritrovati i corpi di alcune prostitute; sono state uccise in modo analogo a quanto accaduto a degli animali rinvenuti in zona. La squadra deve lavorare in fretta per trovare il killer.