建築家アラン・フォスターの遺体が発見される。彼は数ヶ月前に古い屋敷を購入し、リフォームを予定していた。警備会社によると、システムは正常に稼働しており、部外者が侵入した形跡もなかった。最初に現場に駆けつけた保安官代理によると、この屋敷には建築主であるウォルター・ベックワースの幽霊が出るという噂があるようだが、ジェーンは全く取り合わない。

ミニバンに乗ってサッカーチームを眺めていた主婦が車ごと爆破され、ブレナンとブースが捜査に乗り出す。見たところ平凡で無害な、郊外在住の主婦を殺害する動機を持つ者とは誰なのか。

ある著名な医学博士が殺された。ホームズとワトソンは博士が最近開発したガン検知装置が関連するのか謎を追う。

保安官代理が車の窃盗犯2人を追跡中に射殺され、ブレンダは重大犯罪課のメンバーと共に調査を開始する。保安官代理を射殺した犯人は逃走し、残った1人にブレンダが訊問するが、取り調べ中に彼女は大きなミスを犯してしまう。一方、タレルの訴訟は、原告側の証拠不十分により訴えが棄却され、実質上勝訴したかに見えたが、それを覆そうとする人物がブレンダの前に現れる。

ベティは地元クイーンズの人脈を使い、新進気鋭の写真家ヴィンセント･ビアンキを『モード』に起用することに成功。しかし、ビアンキとの初顔合わせの場所に洒落た高級レストランを指定され、『モード』らしい自分を見せなければとプレッシャーを感じるベティは、姉ヒルダやクイーンズの仲間達が気合を入れて施してくれたヘアメイクと勝負服で登場し、周囲の度肝を抜いてしまう。

エイドリアンとバーバラは大事な顧客についての耐えがたい現実を突きつけられる。ルッカはダイアンの助手として務める案件で、州検事の期待の星、コリン･モレロ (ジャスティン･バーサ) と出会ってしまう。一方マイアは刑務所にいる父親を訪ねる。

ケリーは救助隊を率いて、地球に似た惑星で行方不明になった２人の人類学者を救出しようとする。

集団誘拐されたナイジェリアの女学生たちを救うべく、国務省はテロ組織ボコ･ハラムのリーダーに接触を図る。時を同じくしてカメルーンで致命的な伝染病が発生。国際社会は対策に乗り出すが、西洋医療を認めないボコ･ハラムの妨害に遭い封じ込め計画が進まない。テロリストのディサになかなかたどり着けずにいたマーフィ班だったが、新たな作戦でついに標的を追い詰める。スティーヴィはジャレスに対する両親の態度に戸惑う。

ボクシングのチャンピオンが敵から容赦ないパンチ受けた後、リングで亡くなってしまった。だがグリッソムはそれが殺人事件になる証拠を見つけた。

『モード』の危機を乗り切ろうと奮闘する編集部。締め切りまでに刊行は間に合うのか?! ダニエルとベティは表紙を飾る“問題児”モデル (エリザ･デュシュク) を再撮影しようとするが、彼女はリハビリ施設に入院中だった。アレクシスはプリンターに仕掛けをして時間を稼ぎ、足を引っ張ろうとするが…。

保安官補２名が警察官だと知らずにダンテを拘束し、過剰な暴力をふるい連れ去る。保安官補たちは事実が発覚し解雇される事を恐れてパニックに陥る。マッコールはダンテを見つけようと奮闘する。負傷し、廃墟に閉じ込められたダンテは幻覚を経験するが、それにより彼の複雑な少年時代が明らかになる。

16歳の少女ジェマはネットで出会ったライアンと実際に会い、聞いていたよりも年齢がずっと上だったにも関わらず食事に出かける。その後ジェマは行方不明となり、18ヵ月後ライアンと武装強盗を働いて逮捕、起訴される。ブルはジェマの弁護人タリアと旧知の仲であり、ブル自身もジェマが有罪と思えないことからコンサルを引き受ける。ジェマはライアンに誘拐され、虐待され、犯行を強要されたと主張するつもりだ。そのためにはまずジェマをライアンと物理的に引き離す必要があるが、裁判分離の申し立ては却下され、2人は同じ裁判で裁かれることになる。

セントラル･パークの湖で若い女性の骨が発見された。報道を見たガーランドは、新任の頃に関わった行方不明事件の被害者アレサ･グリーンではと考え、ベンソンに再捜査を頼む。一方、裕福な男性から高級腕時計を盗んだとして逮捕されたケンダルを名乗る女性。偽名を使っていたにもかかわらず、なぜか重大犯罪班は彼女をリビー･ブランドンだと特定し逮捕に至る。実はリビーは、1年前に起きた残忍なレイプ事件の被害者だった。

マイク･クレスティーバは、事件を大陪審に持ち込むが、“レディック&ボーズマン&コルスタッド”は独自の対策を練って対抗。コリンは裁判所でいかんともしがたい状況に陥る。ゲスト出演キャリー･プレストン、マシュー･ペリー、アーロン･トヴェイト。

スカリーが妊娠の不安を抱えて入院している間、レイエス捜査官は、モルダーの協力を得てドゲットの息子の殺害事件と関連がありそうな殺人事件を捜査する。

ボクシングで連勝を続けるボクサーのクレイ･ピットマン。試合前の控室では興行主スタンの依頼で元ボクサーのボビーらがクレイに襲い掛かり、殴られ怒りに駆られてヴォーガしたクレイはそのままの勢いで試合に出場、圧勝するのだった。しかし翌日、胸に刺し傷があるボビーの死体が発見される。

サラ、トミー、ソールの３人は、家業を守るために資金を調達しようとして失敗。一方ノラは休暇中に過大な補償をしてしまう。

港町の実家に住む父イーライからアレックに電話が入る。地元の海で、船員ほぼ全員が行方不明の状態で漂っている漁船が見つかったという。捜査に協力するアレックに、父子関係が心配なマリサも同行する。アレックたちは船に隠れていたベトナム系の男を発見。マリサが事情を聞くが男は無言を貫く。その後、意識を取り戻した船長は男の写真を見ると、彼を含む複数人に襲われて自分がクルーを救命艇で脱出させたと語るが……。

大手運送会社から高価な積み荷が強奪される事件を捜査チームが追う。チャーリーの数学の分析により、意外な人物が事件の背後で大きな企てをしていることが分かる。

巨大なテロ組織をつぶすために国土安全保障省が抱えていた内通者が殺人容疑で起訴され、訴訟中にエリンに銃を突きつけて法廷に立てこもる。人質解放の取引を任されたのはダニーだった。その頃ジェイミーが上司の命令に背いて停職処分を受けてしまい、フランクは適切な判断を迫られることとなる。