カム所長を守るため、チームは再び法医学研究所に集結する。最初は情熱に欠けるブレナンたちだったが、久しぶりの捜査作業に取り組むうちに喜びが湧いてきて…。

ブレナンとブースの結婚式を翌日に控え、一同は式のリハーサルに臨む。そこへ遺体発見の知らせが入り、2人は周りの反対を押し切って捜査に向かう。しかし、遺体は35年前のものだった。式の準備に専念するため、ブレナンは渋々調査からはずれる。家族も集まり結婚前夜のディナーに出かけようとした時、教会が火事で焼失してしまう。

一部が腐敗した遺体が野外トイレで発見される。遺体は浮気の現場を押さえるリアリティ番組の司会者のものと判明。ブレナンとブースは彼に恨みを持ち、復讐したいと思っている大勢の容疑者の中から犯人を割り出さねばならない。二人はブレナンのやり手の院生の力を借り、カギとなる科学的証拠を探す。

ホテルの空調設備の中で遺体が発見される。ブレナンは、被害者が宿泊していた部屋にウオッカで拭き取った血痕を見つけ、衝動的な殺人だと推理するが、散乱した遺体の回収作業は難航する。ブースとスイーツが身元の判明した被害者のアパートへ行くと、何者かが窓から逃げ出した。その男はブースの戦友で、CIAのダニーだった。

ある家庭のトイレから、下水から流れ込んだ人骨の一部と眼球が発見される。眼内に残されたレンズの製造番号から、被害者が4週間前に刑務所から脱獄したラゼブニクと判明。ジャックが下水管をロボットカメラで調べたところ、その下水管が刑務所に繋がっている事を突き止める。

オーウェンとTKは自作の地雷原に閉じ込められた２人の兄弟を救うために命がけの救助へ。グレースは兄弟がひん死の状態だという結合双生児から緊急通報を受ける。トミーはチームの救命士に空きがあるため、新たな候補者を面接することに。さらにポールの元に母親と、疎遠になっていた妹が思いがけず訪れる。

アパートの一室の天井が崩れ、上階から大量のガラクタと白骨化が進んだ遺体が落ちてくる。被害者の男性は、物が捨てられない“ため込み魔”だった。

ゴミの不法投棄所でラップに包まれた遺体が発見される。ラップに残った手の跡から被害者がオモチャ会社の重役デビーだと判明。彼女は少女に人気の王子様人形と一緒に遺棄されていた。ブレナンたちはCEOのビアンカからデビーが優秀だったと聞く。

サンタ姿の男が銀行を襲撃した後、自爆死する。共犯の存在を突き止めたブースは捜査を開始する。一方、ブレナンは初対面した親戚のマーガレットとクリスマスを一緒に過ごすことになるが…。

FBI捜査官を殺害した容疑で拘置所に収監されたブースは、囚人からも看守からも目の敵にされ、過酷な日々を送っていた。見かねたブレナンは調査で得た情報を使い、担当検事を脅迫。彼を釈放させる。自分を陥れた黒幕を捜そうと必死になるブース。一方、ブレナンたちは環境保護局の職員だったクーパーという男の遺体を掘り起こし、陰謀の真相を突き止めることに。病死とされていた彼が、実は殺されていた事実を突き止めるが…。

人気ナイトクラブ｢ザ･ラボ｣で殺害された遺体が発見されると、皆が容疑者となる。今回のエピソードは通常のストーリーとは打って変わり、ジェファソニアンのメンバーがナイトクラブの従業員や地元の警察官など、それぞれ別の設定で登場する。

ブレナンたちはクーパー殺害が発端となった陰謀の解明に挑戦。アンジェラは関係者の相関図を作り、クーパーと彼のカルテを偽装したデュラントが知り合いだったことを発見する。しかし彼は自分もクーパーも何者かに脅され職務上の便宜を図っただけだと釈明。一同はFBIのフーバーが持っていた極秘ファイルが何者かに引き継がれ、人々の脅迫に使われていたと考える。そんな中、フーバーの側近だったウィルソンという男が浮上し…。

有名アーティストの押しつぶされた遺体が自動車処理場の車で発見され、ブースとブレナンは、被害者の死が殺人かを探る。アーティストのライバルと彼の助手が容疑者に浮上。芸術作品として問題の車が没収され、アーティスト自身が作品の一部となった究極のデスアートとして展示される前に、ブレナンたちは殺人の証拠を見つけられるか。

ブレナン役のエミリー･デシャネルとブース役のデビッド･ボレアナズが1950年代に演じた映画として展開される200話記念エピソード。宝石泥棒のブースは、富豪エバ･ブラガの家へ忍び込むが彼女は何者かに殺されていた。ロス市警のブレナンは、ブースの無実を主張、署長である父に停職処分を受けてしまう。そこで彼女はブースと共に、同僚のアンジェラや古生物学者のホッジンズ教授の協力を得て真犯人を捜すことにするが…。

遺体発見の通報を受け、駆けつけたブレナンたち。なんと発電所のフェンスに縛られた遺体は3000年以上前のミイラだった! メンバーはその正体を探ると同時に、ミイラに残された血痕の分析も進める。

爆発炎上したトラックの中から、溶けたように見える遺骨が発見される。事件の背後には、男女関係のもつれがあるように見えたが…。

研究所に、150年前の奴隷船に乗っていた大量の遺体が運び込まれる。その中から、ピンク色の物体に覆われた、死後約1ヶ月の遺骨が出てくる。

散歩中の夫婦が白骨遺体を発見するが、検証中にもう一つの遺体も見つかる。遺体の一つは、肺がんで亡くなったモニカ･クレイグと判明。その場所は自然葬を行う会社が借りていた土地で、モニカは埋葬されていた。もう一つの遺体は、モニカの葬式コンサルトと判明するが…。

ウェストバージニアの森の中で木に貼り付けられた遺体が発見された。被害者は近隣に住むタグ･バブコックと判る。タグの息子たちに話を聞くと、彼らは谷の反対側に住むモブリー家の仕業だと言う。両家は100年もの間憎み合っていた。

学校給食のシチューから人骨や人肉が見つかる。ブレナンたちは提供元の食品加工工場へと出向き、遺体が入っていると思われる缶詰を回収する。被害者は食品科学者ハワード･コンプトンと判明し、ブレナンとブースは、彼と商品開発に携わってきた女性を訪ねる。一方、アンジェラは、ブレナンとの間に距離ができているのを感じていた。