宇宙空間に巨大な雲状の移動体が現れ、攻撃されたクリンゴン艦やステーション・イプシロン9が消滅する。その進路の先には地球があった。エンタープライズ号が迎撃の態勢を整え、地上任務に就いていたカーク提督が艦に復帰し指揮をとる。戦闘の中、彼らは相手とのコンタクトに成功。雲の中の謎の存在が地球に向かう背景には、人類が生み出した壮大な因縁が隠されていた。