両親の離婚後、母親とともに森の中の古い屋敷に引っ越してきたジャレッド、サイモン、マロリーの3姉弟。その夜、ジャレッドは屋根裏部屋で妖精について書かれた謎めいた本を発見する。それは80年前に失踪した大叔父のアーサー・スパイダーウィックが書き残したものだった。すると、その本を狙う邪悪な妖精マルガラスが手下のゴブリン軍団を率いてジャレッドたちを襲撃。なんとか危機を逃れた姉弟は本の秘密を探ろうとするが…。