チキン・リトルは何をやっても失敗ばかり。「空のカケラが落っこちてきた！」と騒ぎたてて大パニックを巻き起こした、有名なドングリ事件以来、町中の笑いもの。心の支えは変わり者ぞろいの仲間たちだけ。そんなある日、またしても"空のカケラ"が降ってきたのだ！やがて、上空には宇宙船が襲来、エイリアンの総攻撃が始まる。大混乱の中、チキン・リトルは迷子の赤ちゃんエイリアン、カービーに出会う。カービーと町のみんなを救うため、チキン・リトルは全てをかけて立ち上がる！そして、ついに、とてつもない奇跡がおこることに。