明治39年。坊っちゃんこと近藤大助（中村雅俊）は、東京の物理学校を卒業、中学の数学の教師として勇んで四国の松山にやって来た。幼い頃から、無鉄砲で負けず嫌いの大助だったが、ばあやの清（荒木道子）だけが「坊っちゃんはまっすぐで気性の良い方だ」とかわいがった。大助は四国に、その清と別れて来たのが少々気がかりだった。愛媛県立松山中学校。ここが大助を待ちうける学校だ。この学校の校長（大滝秀治）は狸の様な顔をしているので狸、教頭（米倉斉加年）は赤シャツの見るからにキザな奴なので赤シャツ、教頭のたいこ持ちのような吉川（湯原昌幸）は野ダイコと大助はアダ名をつけたがそれぞれひとくせもふたくせもある奴らであった。教員室では、精気のないうらなりみたいな古賀（岡本信人）と、これも大助が山嵐と名付けた、逞しい堀田（地井武男）に挨拶。翌日から大助の授業が始まった。東京から来て、初めて教壇に立つ大助は、ここの生徒たちにずいぶんと手こずった。ある日、大助はひょんな事からビックリするような美女と知り合った。彼女こそ、町中で美人で才女と噂の高いマドンナ（松坂慶子）であった。数日がすぎ、赤シャツが大助に話があるという。大助の親友の山嵐が町の芸者・〆香（宇都宮雅代）といい仲で教育者としてあるまじきこと、生徒たちのいたずらも実は彼が裏で糸を引いているなどと吹き込んだ・・・。