西暦2150年、地球外生物《エイリアン=虫獣(ちゅうじゅう)》が突然地球に襲来。人類は地球防衛連盟を結成する。この未曽有の災害に直面して、地球防衛連盟は身を挺してエイリアンと生死を懸けた戦いを展開していた。そして15年後、エイリアンとの戦いはまだ終わってはいない。人類を越える叡智を持つエイリアンは、人類の体内にウィルスを注入して、人体DNA改造を行うという進撃を始めるのであった!