拘置所の所長を勤める男のもとに、十年前に姿を消した妻が現れ…。
妻を殺されたサムは復讐を誓い、事件の黒幕であるタヒア・カレドを自ら捜し始める。その矢先、ミシェルの遺体を積んだ検視局の車が乗っ取られたことが発覚。カレンはサムにその知らせを伝えようとするが、1人でモスクに入っていたサムは、バッジを置いて単独行動に出てしまう。一方、ネルはミシェルが監禁されていた冷蔵室のリース会社を突き止め、ケンジーとディークスが一足先に会社の所在地に向かうことに。
潜入捜査中に接点のあったズロフが減刑を条件に情報提供を申し出たため、刑務所に出向いたサムとミシェル。その後、海軍将校の殺人事件で出動要請があったため、サムはカレンと共に現場に向かう。被害者はサムのSEAL時代の仲間だと思われたが、すぐに彼の免許証とパスポートを所持した別人であることが発覚。異変を感じたサムは急いでミシェルに警告するが、何者かが家に押し入り、ミシェルは誘拐されてしまう。
ジェイダ・カレドを移送する車両が襲われる。NCISは彼女を救い、事件を解決する為に調査を開始する。サムは、スーダンから帰国し、初めてジェイダと相対することとなる。
アフリカに呼ばれたサムは、カルメという男が率いる「神の抵抗軍」に自分の家族が狙われていることを知る。カルメの情報源を特定するべく、ケンジーとディークスは世界刑事裁判所のエルムスリーを訪ね、かつてカルメに拉致された男性に話を聞くことに。一方、サムとカレンはドローンが撮影した写真によってジェイダがカルメたちと一緒にいることを知り、黒幕がカルメではなくジェイダの兄タヒア・カレドだと推測する。