CIAに拘束されていたジェーンはなんとか脱出するものの、カートが率いるFBIチームに捕まってしまう。チームはジェーンをテロ組織サンドストームに潜入させるが、そこでジェーンの過去の秘密がついに明らかになる。一方、FBIとテロ組織の両方からの裏切り行為によって、ジェーンとチームの絆は永遠に断絶するおそれが出てくる。
専用のデバイスがあれば遠隔操作が可能なネルガル・ウィルスが、NSAの支局から盗まれる。チームが盗難の事実を知らされて間もなく、ネルガルを使用したと思われる貨物船の爆発事件が起き、チームはナズ・カマルの要請でデバイスを捜す。一方、闇のオークションサイトでデバイスが販売されていたことも明らかになるが、取引はすでに終了していた。
ジェーンはZIPを浴びたものの、パターソンの作った薬のおかげで記憶を失わずに済む。事件は解決したが、グリゴリアン長官はチームを解雇する。彼らは一切の罪に問われないが、二度と政府機関で働けなくなる。だが、全て回収したはずのZIPの容器が1つ足らないことが判明する。事の重大さにグリゴリアンは、チームの捜査続行を認める。そんな中、ジェーンはロマンの幻影に遭遇する。ZIPがジェーンの体をむしばんでいたのだ。
TACの元技師でケイブルの友達サイモンが自殺した。周囲から治験のバイトで飲んでいた抗うつ剤が原因と聞かされたケイブルは、治験を行っていたデプ製薬を提訴するというサイモンの両親を手伝うことを約束、ブルに協力を頼む。デプ製薬のCEOテッサは裁判科学の専門家アルティ・キャンダーを起用。擬似陪審などムダだと言い切るアルティに対し、ブルは並々ならぬ対抗心を燃やす。予備尋問では相手を惑わすためにあえて相手に有利と思われる陪審を選ぶが、それが災いして裁判は10対2の圧倒的不利で始まる。