全国制覇を果たしたグリークラブは一躍人気者になり、新メンバーのオーディションに応募が殺到する。すばらしい歌を聴かせた転校生のマーリーが合格。歌は上手いが、態度が悪く落とされてしまったジェイクは、実はグリークラブと意外な関係があった。
ビーストの顔にあるアザを見てからかうサンタナたちの言葉を聞いたスーは、女性の強さを歌った曲を課題に出す。それを聴いたビーストはスーに真実を告白する。一方男子たちは世界史の追試を受けるパックのために一緒に猛勉強。だが結局落第点だったパックは激しく落ち込む。
スーは、地区大会で敗退したグリークラブに追い打ちをかけるように、音楽室を奪ってチア部の練習場所にする。全国制覇の夢に破れた上、音楽室や講堂からも追い出されたグリー部のメンバーたちはすっかりやる気をなくし、マーリー以外は全員が別の部に入ってしまう。
レイチェルは公演が2週間後に迫って通し稽古が始まり、大学との両立でますます忙しくなる。同時にNYADAでは、成績を左右する冬の批評会が始まり、カルメンの厳しい忠告を受けたレイチェルは、大きな決断をする。サムはメルセデスとヨリを戻そうとするが、メルセデスはある理由からどうしても踏み切れないでいた。街ではゲイが襲われる事件が発生していた。ある夜、襲撃現場を目撃したカートは被害者を助けようと立ち向かうが…。
政治情勢が大きく変わる中、フランクは警察による暴力への抗議活動についてレジーナ･トーマス市議会議長 (ウーピー･ゴールドバーグ) と激しくぶつかる。ダニーとバエズが殺人事件の捜査中に姿を消した。ジェイミーは甥のジョー･ヒル (ウィル･ホックマン) と組んで、2人の居所を捜す。エディは検視局からの通報に対応。職員に当たり散らしていた女性は、父親の遺体をパンデミックの混乱の中で紛失されていた。エディは遺体を捜すと手助けを申し出る。
