ミリアス大佐がハワイに戻り、チームは危険な重要容疑者の逮捕に乗り出す。鍵を握るのは過去に例のないタイプの情報提供者だ。一方、テナントとダニエルはアレックスの海軍士官学校合格という事態に直面する。
ヴァネッサ･ラシェイ演じるジェーン･テナントはNCISハワイの主任捜査官。チームのメンバーは芯の強いスペシャリストたちで、皆、仕事と家族や故郷とのバランスを取りながら、軍関係者や国の安全、そして太陽が降り注ぐ楽園の謎をめぐる難事件を捜査する。第1話では海軍の実験機がオアフに墜落。テナントたちは誰が背後にいるのかを機密情報が流出する前に突き止めなければならない。
米露の捕虜交換後、ミリアス大佐とテナント率いるチームはさらに捜査を進める。ウィスラーはアーニーの勧めで、ルーシーとよりを戻すための派手なアピール作戦に出る。シーズンを締めくくる2話連続回の後編。
偶然にもマルティネスと再会した総督。マルティネスは自らがリーダーとなり、キャンピングカーや戦車で周りを囲ったキャンプで小さなコミュニティーを築いていた。彼の右腕はミッチとピートの兄弟だが、2人の性格は正反対。ミッチは生きるためなら手段は選ばないが、ピートは正義感や倫理観が強かった。彼らと物資調達に繰り出した総督は、さまざまな側面からキャンプの今後を憂い、新しい家族を守るためにある行動に出る。
国際強盗団が第二次大戦時の爆薬を使い、現金輸送車を襲撃する。テナント率いるNCISは、強盗団が最後の大仕事を終えて逃亡するのを阻止しなければならない。カイは新居探しを始め、ルーシーとウィスラーは先日の夜のことでギクシャクする。アーニーの現場での任務は予想以上に危険なものとなる。
