アーリントン国立墓地で発見された自殺遺体は、実は殺人の犠牲者と判明。そしてそれはイラクで戦った兵士だった。ブレナンとブースは被害者のイラク戦友を尋問する。事件は被害者が所属していた部隊のイラクでの行動に隠された秘密へと発展する。捜査を続ける二人は、軍の隠蔽工作の証拠を見つける。同時にブースは、自身のイラクでの経験を思い出していた。
総督グループの襲撃を受け、刑務所もフェンスも破壊され散り散りに逃げ出したリックたち。かろうじてリックとカールは一緒に逃げられたがリックは歩くのがやっとの状態だった。カールを守ろうと自分の指示に従うように言うがカールはことごとく反発する。仲間や母親、妹のジュディスをリーダーとして守れなかった父親に腹を立てていたのだ。一方、一人で森をさまようミショーンは、恋人マイクと幸せだった頃の夢を見ていた。
口の中には白い包み物。包みの中には謎のシンボルが描かれた銀のメダル。死体横には生き血が盛られた白い容器…。駐車場で発見された被害者の状況を見るなり、キャッスルはブードゥー教の儀式に関わる殺人と断定した。犯人が、儀式を行った目的を探すため、ベケットとともにブードゥー教に関わる人々を徹底調査していく。一方、キャッスルの家では元妻メレディスがLAから舞い戻り、娘のアレクシスを勝手気ままに振り回し、挙句の果てにはNYへの引越し準備まで始めてしまう。
古いテープレコーダーに、3発の銃声と「ランナー」という叫び声が残されていた。それは、1973年に起きた警察官ジョーの殺害事件の音声と判明。リリーは再捜査を開始。するとジョーの意外な過去が…。
もうすぐ父親となる青年は、結核を患っていた。アディソン、ピート、サムの３人は、彼の複雑な状況を解決するため、力を合わせることになる。シェルドンは、ヴァイオレットの担当患者が飛行機恐怖症を克服するのを手助けする。
