サマリタン・チームのリーダー“コントロール” (カムリン・マンハイム) が戻ってくる。彼女はサマリタンが次々とはじき出す政府にとって重要なナンバーを監視しているが、最近、サマリタン・プログラムの意図と手法について疑問を持ち始めていた。そんな中、北東部地方では“自警活動”をしている二人組が町で暴徒化するという不穏なニュースが伝えられる。
マシンは、リースとフィンチを結婚式へと送り込む。今回の対象者が、結婚式に臨もうとしている新郎と新婦だからだ。リースとフィンチは、式が始まる前に2人のもとへ駆けつけ、彼らを守らなければならない。一方、POIチームからそれを秘密にされていたファスコ刑事は、怒り心頭に発し、一連の失踪届について、自分一人で調査に乗り出すのだった。
サマリタンが突然、過激な行動を起こし、自身の絶大なパワーを見せつける―。サマリタンは、ニューヨークを48時間完全にコントロールし、市内で起こる犯罪を一掃していくのだった。それによって、リース、ショウ、ルート、ファスコ、そしてフィンチは白日の下にさらされようとする。だが、サマリタンの真の狙いは、マシンの所在地を突き止めることだった。