空から落ちてきた遺体の一部を調査した結果、長時間宇宙にいたことが判明。ブレナンのチームはエイリアンとそれを隠蔽する政府の陰謀を疑う。また、ホッジンズがアンジェラに再びプロポーズを。
3人分の血痕が発見され、そのうち2人は間違いなく死亡していると思われたが、死体がどこにもなく、特捜班が捜査に乗り出す。そこへ東地区の診療所から、足を撃たれた男が来院したという連絡が入る。ブレンダは、現場に向かう途中、車で接触事故を起こし、交通課のウエスト警部に追い回されるはめに。
ホッチが現場に復帰することになった。息子が保護観察下になったことや、リーパーが未だ逮捕されていないことが彼を精神的に追いつめているのではと、心配するモーガン。ある日、ケンタッキー州の薬局で、客の男性が突然錯乱状態となり、店員や他の客に被害を出す事件が発生する。
ジャックはカーラの指示に従い、トニーを逃がすために護送車を乗っ取る。驚くルネに対し、キムの命が狙われている事を話し、救出を頼む。自由の身になったトニーは、カーラと合流する際、ジャックを連行する。
ジャックはパーマーのスタッフを引きこんで、暗殺容疑者の一人を逮捕する手掛かりを得ようとする。一方、キースは、自己の調査でフェラガモの死の真相を突き止めようとする。そして、キムは誰も信じることができず、保護を断ってリックの家に向かう。