ロシアとの反テロリスト協定の調印式が行なわれる日。ジャック・バウアーの生存を知る人間が次々に命を狙われる。ジャックは急きょロサンゼルスに向かう。
人質の中に紛れていた容疑者が消えたことに気付いたジャックは、カーティスに男の行方を追うよう指示し、CTUへと連行される。手掛かりを追って空港の格納庫に到着したカーティスは、異常死したネズミ数匹の死骸を発見する。死因が軍用レベルの濃度をもった神経ガスだと判明すると、CTUはガスの出所と行方を総力をあげて捜査する。
反テロリスト協定の調印式まで1時間を切った。ブキャナンは連絡の途絶えたジャック抜きで突入作戦に踏み切る事を決断する。ローガンは二人目の人質処刑シーンを目の当たりにし、調印延期に心が傾くが、テロには屈しない強固な姿勢を貫くことを決意する。一方人質に取られたジャックは、CTU戦術チームに嘘の情報を流すよう強要される。追い詰められたジャックは、土壇場である秘策を決行する。
スペンサーの告白により、カミングスのテロへの関与が露呈した。神経ガスの行方を掴むには、カミングスを糾弾するしかないと考えたジャックは、マイク・ノビックに連絡し密会を取り付ける。だが、その通話内容は全てカミングスに筒抜けであった。動揺するカミングスに、ネイサンソンは取るべき手段は一つだと告げる。一方、神経ガスは分離主義者の手によりモスクワへ運ばれるため、港へ到着していた。
CTUはある人物の暗殺の同時刻に、現場向かいのビルに男が忍び込む様子が映ったセキュリティ映像を入手する。それは死んだはずのジャックの姿であった。ブキャナンは愕然としながらも、ジャックを第一容疑者として全面捜査にあたる。一方、暗殺犯に仕立て上げられたジャックは、真犯人を突き止めるため、その殺害現場へと向かう。そこには、暗殺された人物が綴った暗号が残されていた。