この世のものとは思えない謎の生物が、ＦＢＩ捜査官の臓器に寄生し、死の危険が迫る。一刻を争うこの事態は、パターンとの関係が極めて強く疑われた。オリビアは、ある服役囚に会うため、至急ドイツへ。この男こそ、さらに巨大な脅威の詳細を知る人物だった。一方、ビショップ博士とピーターは、オリビアを助けようと、死亡した男の脳波を探る。
オリビアは、脱獄したジョーンズの件でドイツ人の捜査官から質問を受ける。一方フリンジ･チームは"顔のない死体"の事件を追っていた。被害者は、目や口など、顔の開口部が突然ふさがり死亡していた。ドイツ当局は、ジョーンズとこの不吉で不可解な事件との関連性について知るため、オリビア、ピーター、ビショップ博士に協力を求めた。捜査が進む中、オリビアに試練が訪れる。
フリンジ･チームと密接な関係を持つ人物が突然襲われた。さらに、テロリストのジョーンズが再び現われ、ビショップ博士は不可解な失踪を遂げる･･･。これまでのさまざまな疑問に答えが見つかり、検証され、個々の絆が試されるときが来た。オリビア、ピーター、ビショップ博士を取り巻く謎の事件の詳細も明らかになっていく。そして、ついに謎の人物、ウィリアム･ベルが姿を現す。
連続銀行強盗事件の捜査中に、容疑者の一人が金庫室の壁に閉じ込められた状態で発見される。まるで、壁にのみ込まれたような姿に衝撃を受ける3人。ビショップ博士は強盗たちが、物理法則に反する手段を手に入れたのだと悟る。さらに驚くことには、彼らは博士が所有するある物を奪おうと狙っていた。捜査は進展するものの、謎は深まってゆく。
オフィスビルで多数の人が自然燃焼して死亡するが、何故か、動かずに静止した人々は助かった。横たわる死体と立ち尽くす人々が入り混じる中、原因を調べに来たウォルターは動きを止めて助かったジェシカの指先の汚れに気づき、エスカレーターでつけたのかもしれないと言われる。
