マンハッタン銀行のサーバーが制御不能になり、1億2500万ドルが盗まれる。サラも預金が引き出せなくなり、家が改装中でホテル暮らしの彼女はニールの部屋に一時的に身を寄せる。
ダンテの調査に熱中するあまり、一晩無断で家を空けたキャリーは、再び姉のマギーと衝突してしまう。フラニーを連れて衝動的に家を出たキャリーは行き場に困るが、そんな時ダンテから電話がかかってくる。一方、ソールはウェリントンの元を訪れ、シモーヌの正体を暴露する。次に彼が向かったのはマックスの家だった。
クインに呼び出されたキャリーはベルリンでの出来事について彼の口からつらい言葉を聞くことになる。一方、戦死した息子が偽の英雄だったと告発する動画が公開され、キーン次期大統領への批判が高まっていく。劣勢となった彼女に、ソールはマックスから得た情報を伝えるが、そこへオキーフから1本の電話がかかってくる。
殺人事件裁判の重要証人が、仕返しを恐れて逃亡する。エリンとアンソニーは力を合わせて彼を捜し出し、証言するよう説得する。またギャレットは、組合のパーティーに出席するようフランクを説得しようとする。ダニーとバエズは酒店の強盗事件に関する疑惑を調査する。
研究所で銃撃事件が起きた後、海軍の微生物学者が失踪し、NCISが捜査に当たる。希少で殺人的なウイルスが盗まれたということが判明し、海軍情報局のネロ (レヴァー・バートン) と共にその行方を追う。