シーズン幕開けは「NCIS ~ネイビー犯罪捜査班」のエピソードの続きからスタート。チームはマックスウェルがハワイに向かったとの知らせを受ける。飛行機を待ち伏せすると、中では数人が死亡しており、マックスウェルの姿はなかった。DCのNCIS捜査官トーレスとナイトも加わって捜査すると、マックスウェルが既にハワイに到着しており、環太平洋合同演習 (RIMPAC) への攻撃を計画していることが判明。チームがマックスウェルを発見した時、彼は近くに隠した爆弾のスイッチを手にしていた。
3年前、設計事務所に勤務していたマイケルは順風満帆な人生を送っていたが、問題を起こしては助けを求めてくる兄がいた。回想の中でリンカーン、スクレ、ティーバッグ、シーノートと医師サラが刑務所に至った経緯と、マイケルが兄の脱獄を計画した動機が明らかになる。
囚人達が大騒ぎする中、ポープ所長はマイケルの房に向かいトイレ裏の穴を発見する。マイケル、リンカーンと受刑者たちは自由のため逃走し、看守や地元警察が脱獄犯の追跡をする。一方ベロニカは、真相を暴くカギを見つけにモンタナへと向かう。
リンカーンが1時間だけの約束で息子に会いに出かけるが、乗っていた車が大型トラックにぶつかり車は横転する。意識がはっきりしない中、リンカーンは謎の男に引きずられていく。一方マイケルは、サラが脱出計画の鍵を握っていることに気付く。
二枝バイパス手術を受けた後に合併症を起こしたジェイコブ。彼を搬送して来た救急車に、後から到着した別の救急車が衝突し、負傷した2人の救急隊員が車内に閉じ込められてしまう。