大人たちはラスベガスへ。ジェイのクライアントの厚意によって高級ホテルにやってきた。しかし、より高いレベルの部屋があると知ったジェイはアップグレードに執着する。一方クレアはテーブルゲームで大勝し、フィルは手品師のオーディションに潜りこむことに。ミッチェルから逃れたキャメロンは友人のバチェラーパーティーに参加してバカ騒ぎする。
1945年のオーストリア。のちにヒドラの北米指導者ホワイトホールとなるラインハルト中将は「オベリスク」とその他の品々を運び出そうしていた。だがそこにエージェント･カーター率いるSSRが現れ、すべて押収する。
コールソンとエージェント・オブ・シールドは時間をさかのぼり、1931年のニューヨークに漂着する。新しいゼファーはいつタイムジャンプするかもしれず、チームは何が起きたか急いで解明せねばならない。失敗すれば、世界中の過去、現在、未来に大災難が訪れる。
キューバにあるヒドラのアジトからニューメキシコへ移動したコールソンたちは、サイバーテック社の超人兵器の製造工場へ乗り込み、ヒドラとの戦いに決着を図る。そして、ついに組織を裏切ったギャレットと戦う。シールドは崩壊するのか? そしてコールソンたちの未来はどうなるのか?
「シータ･プロトコル」とは新たなヘリキャリアの建造のことだった。これによってウルトロンによる人類滅亡計画を阻止したコールソンはシールド長官の地位を守り、ゴンザレスたちは顧問団としてコールソンに助言を与えることになった。
